1800∼2000년 전 만주지방 일대로부터 제주도에 이르러 농경민들과 제주한우 사육이 시작되었고, 중국 삼국위지와 후한서에 마한의 서남쪽에 큰섬(제주도)에 소를 잘 기르는 선비족이 살았으며, 삼성개벽설화에도 소 사육 사실이 기록되어 있다. 동국여지승람 제38권에 선사시대부터 야생우마군이 한라산 밀림지대(초원)에서 농경민들과 상당한 기간동안 유목생활을 기록하고 있으며, 고려 충렬왕 2년(1276년)에 몽고의 다루가치가 북방으로부터 우마를 둘여와 입목하므로서 목마장 시초가 되었고, 세종실록에 의하면 제주한우 고기는 고려시대 및 이조시대의 삼명일(임금생일, 정월초하루, 동지)에 정규진상품으로 공출되기도 했다.
1993년 제주흑한우 10두를 구입하여, 흑한우의 영구적 보존 및 순수혈통 정립을 위해 노력하고 있다. 고기는 육질이 좋아 고려시대부터 삼명일에 정규 진상품으로 이용 되었고,이조시대에는 모두 관의 목적으로 공출되어 사육이 되었다는 기록이 있다.
한반도와 격리되어 육지부 한우와 교류없이 오랜 세월이 경과하는 동안 육지한우와 유전적 조성이 달라지고 우량종모우의 도외반출 및 도태가 주원인으로 작용하여 제주한우는 육지한우와 동일품종에 속하나 주로 체중, 체위 및 모색출현빈도에 차이를 나타낸다.
그러므로 제주한우는 한우 중 제일 왜소한 품종이고 모색출현빈도가 다양하다. 제주재래한우는 제주지역의 환경에 잘 적응되어져온 계통으로서 방목적응성 등이 육지에서 도입된 한우 보다 강하다고 평가되고 있으며, 사육방법은 제주지역에서 행해지는 방목위주의 방식으로 사육되고 있다. 제주재래한우의 사육은 4월∼11월까지 약 8월간의 방목기와 사사기로 나눌 수 있다.